Η ορθόδοξη εικονογραφία δεν είναι ομοιόμορφη. Διαφορετικές περιοχές ανέπτυξαν διακριτές «σχολές» με ιδιαίτερα στιλιστικά χαρακτηριστικά, παρόλο που όλες ακολουθούν τους ίδιους θεολογικούς κανόνες.
Πρώιμες ρίζες: Φαγιούμ και Σινά
Οι αρχαιότερες σωζόμενες εικόνες προέρχονται από την Αίγυπτο και το όρος Σινά. Στη Φαγιούμ της Κάτω Αιγύπτου ανακαλύφθηκαν πορτρέτα μομιών από τον 1ο-3ο αιώνα μ.Χ. — ζωγραφισμένα σε ξύλο με εγκαυστική τεχνική. Από αυτή την παράδοση εξελίχθηκε η ορθόδοξη εικόνα.
Στη μονή της Αγίας Αικατερίνης στο Σινά διασώζονται οι αρχαιότερες χριστιανικές εικόνες — του Παντοκράτορος, της Παναγίας, του Αποστόλου Πέτρου — από τον 6ο αιώνα. Αυτές είναι οι «προγονικές» εικόνες της ορθόδοξης παράδοσης.
Η Σχολή Κωνσταντινουπόλεως
Από τον 9ο μέχρι τον 15ο αιώνα, η Κωνσταντινούπολη ήταν το ζωντανό κέντρο της εικονογραφίας. Μετά τη νίκη επί της εικονομαχίας, η αυτοκρατορική αυλή χρηματοδότησε σπουδαία εικονογραφικά έργα στην Αγία Σοφία, στους Παλαιολόγους ναούς, στις μονές της Πόλης.
Η σχολή Κωνσταντινουπόλεως χαρακτηρίζεται από αρμονία αναλογιών, λεπτότητα γραμμής, ωραιότητα προσώπων. Έχει μια αυτοκρατορική επισημότητα — εικονίζει τους αγίους με τη μεγαλοπρέπεια κατοίκων της Βασιλείας. Παράδειγμα: η Δέηση στην Αγία Σοφία (13ος αιώνας) — μία από τις σημαντικότερες εικόνες στην ιστορία της τέχνης.
Η Παλαιολόγεια Αναγέννηση (1261-1453)
Στους τελευταίους δύο αιώνες πριν την άλωση, η εικονογραφία γνώρισε νέα άνθηση. Ζωγράφοι όπως ο Μανουήλ Πανσέληνος (στις τοιχογραφίες του Άθω) και ο Θεοφάνης ο Έλληνας (στη Ρωσία) ανανεώνουν την παράδοση με δυναμικότερες κινήσεις, φως που εκπέμπεται από εντός των μορφών, σύνθετες αρχιτεκτονικές βάθους.
Η Μακεδονική Σχολή
Παράλληλα με την Πόλη, στη Θεσσαλονίκη και στις γύρω περιοχές αναπτύχθηκε η Μακεδονική Σχολή. Χαρακτηρίζεται από εκφραστικότητα, ψυχολογική δραματικότητα, χρήση φωτεινών χρωμάτων. Παράδειγμα: οι τοιχογραφίες της Παναγίας Περιβλέπτου στην Αχρίδα και του Πρωτάτου στις Καρυές του Άθω (αποδίδονται στον Πανσέληνο).
Η Κρητική Σχολή (15ος-17ος αιώνας)
Μετά την άλωση το 1453, πολλοί βυζαντινοί καλλιτέχνες κατέφυγαν στην Κρήτη που ήταν τότε υπό βενετική κατοχή. Εκεί συνέχισαν την παράδοση, εξελίσσοντάς την με δυτικές επιδράσεις. Η Κρητική Σχολή έγινε το νέο κέντρο της ορθόδοξης εικονογραφίας.
Μεγάλοι κρητικοί εικονογράφοι: Άγγελος Ακοτάντος (15ος), Ανδρέας Ρίτζος (15ος), Μιχαήλ Δαμασκηνός (16ος), Θεοφάνης ο Κρης (16ος, ο εικονογράφος του Καθολικού της μονής Σταυρονικήτα στον Άθω), Δομήνικος Θεοτοκόπουλος — ο Ελ Γκρέκο, που έπειτα μετανάστευσε στην Ισπανία και ανέπτυξε εκεί τη δική του τέχνη.
Η Ρωσική παράδοση
Οι Ρώσοι παρέλαβαν την εικονογραφία από το Βυζάντιο τον 10ο αιώνα και ανέπτυξαν δικές τους σχολές: Νοβγκοροντική, Μοσχοβίτικη, του Πσκόφ. Σπουδαίοι Ρώσοι αγιογράφοι: Θεοφάνης ο Έλληνας (μετανάστης από το Βυζάντιο, διδάσκαλος του Ρουμπλιόφ), Ανδρέας Ρουμπλιόφ (1360-1430, δημιουργός της διάσημης εικόνας της Αγίας Τριάδος), Διονύσιος (15ος-16ος αιώνας).
Η ρωσική παράδοση τείνει σε λιτότερα χρώματα, μεγαλύτερα μάτια, λυρικότερη ατμόσφαιρα. Διατηρεί την αυστηρή εικονογραφική θεολογία αλλά με ξεχωριστή πνευματική αύρα.
Σύγχρονη αναγέννηση
Τον 20ό αιώνα, μετά από αιώνες σχετικής στασιμότητας λόγω της δυτικοποίησης, η ορθόδοξη εικονογραφία ξαναζωντάνεψε. Σπουδαίοι σύγχρονοι αγιογράφοι: Φώτης Κόντογλου (1895-1965, αναβίωσε την παραδοσιακή βυζαντινή τεχνοτροπία στην Ελλάδα), Λεωνίδας Ούσπενσκι (1902-1987, θεολόγος-αγιογράφος στη Γαλλία), αρχιμανδρίτης Ζηνών (Ρωσία, σύγχρονος δάσκαλος).
Σήμερα στην ορθόδοξη Εκκλησία λειτουργούν εκατοντάδες σχολές και εργαστήρια αγιογραφίας, διασώζοντας μια παράδοση 1700 ετών ζωντανή.