Η Εκκλησία της Κύπρου διεκδικεί τον τίτλο της αρχαιότερης αυτοκέφαλης Εκκλησίας στην Ορθοδοξία, με αδιάλειπτη παράδοση από την αποστολική εποχή.
Η αποστολική ίδρυση
Σύμφωνα με τις Πράξεις των Αποστόλων (Πραξ. 13, 4-12), οι Απόστολοι Παύλος και Βαρνάβας περιόδευσαν την Κύπρο στην πρώτη ιεραποστολική περιοδεία. Ο Βαρνάβας, Κύπριος ιουδαϊκής καταγωγής, θεωρείται ιδρυτής της Εκκλησίας της Κύπρου και μαρτύρησε εκεί. Στη Σαλαμίνα της Κύπρου ανακαλύφθηκε ο τάφος του με αυτόγραφο Ευαγγέλιο του Ματθαίου, γεγονός που έπαιξε καθοριστικό ρόλο στην επιβεβαίωση της αυτοκεφαλίας.
Η Γ’ Οικουμενική Σύνοδος (431)
Όταν ο Πατριάρχης Αντιοχείας προσπάθησε να επεκτείνει τη δικαιοδοσία του στην Κύπρο, οι κυπριακοί επίσκοποι προσέφυγαν στη Γ’ Οικουμενική Σύνοδο. Ο 8ος κανών της Συνόδου κατοχύρωσε «τὸ ἀνεπηρέαστον τῆς Κυπριακῆς Ἐκκλησίας», καθιερώνοντας το αυτοκέφαλο. Σύμφωνα με την παράδοση, ο αυτοκράτορας Ζήνων παραχώρησε στον Αρχιεπίσκοπο Κύπρου τρία αυτοκρατορικά προνόμια: να φέρει σκήπτρο αντί ποιμαντικής ράβδου, να υπογράφει με κιννάβαρι (κόκκινη μελάνη), και να φέρει αυτοκρατορικό μανδύα.
Δοκιμασίες και επιβίωση
Η Κύπρος γνώρισε διαδοχικές κατακτήσεις: Άραβες, Βυζαντινούς, Σταυροφόρους (Λουζινιανούς), Ενετούς, Οθωμανούς, Άγγλους. Παρά ταύτα, η Εκκλησία διατήρησε αδιάλειπτα την αρχιεπισκοπική διαδοχή. Επί φραγκοκρατίας, ο αρχιεπίσκοπος αναγκάστηκε να υποταχθεί στον Λατίνο επίσκοπο, αλλά η αυτοκεφαλία αποκαταστάθηκε με την οθωμανική κατάκτηση (1571).
Σήμερα
Η Εκκλησία της Κύπρου διοικείται από την Ιερά Σύνοδο υπό την προεδρία του Αρχιεπισκόπου Νέας Ιουστινιανής και πάσης Κύπρου, με δεκαέξι μητροπόλεις και ισχυρή ποιμαντική, εκπαιδευτική και κοινωνική παρουσία.