Το ζήτημα του παπικού πρωτείου αποτελεί το βαθύτερο εκκλησιολογικό αίτιο του Σχίσματος και παραμένει το δυσκολότερο εμπόδιο στους σύγχρονους διαλόγους.
Το αρχαίο πρωτείο τιμής
Στην αρχαία ενιαία Εκκλησία, ο επίσκοπος Ρώμης είχε αναγνωρισμένο πρωτείο τιμής μεταξύ των πέντε Πατριαρχών της Πενταρχίας. Πρώτος μεταξύ ίσων (primus inter pares), προήδρευε σε σώματα και τοπικές υποθέσεις, αλλά δεν ασκούσε δικαιοδοσία επί άλλων Πατριαρχών. Οι Οικουμενικές Σύνοδοι, όχι ο Πάπας, ήταν η ανώτατη αυθεντία.
Η σταδιακή ανάπτυξη της παπικής αξιώσεως
Από τον 4ο-5ο αιώνα, οι Ρωμαίοι Επίσκοποι άρχισαν να επικαλούνται την ερμηνεία του Ματθ. 16, 18 («σὺ εἶ Πέτρος») ως απόδοση μοναδικής δικαιοδοσίας στον Πέτρο και στους διαδόχους του. Η υιοθέτηση του τίτλου «Πάπας» αποκλειστικά για τη Ρώμη (παρόλο που χρησιμοποιείται από αρχαιότερα στην Αλεξάνδρεια), η ανάπτυξη της θεωρίας του «petrine prerogative», και αργότερα οι «Ψευδοϊσιδώρειες Δεκρετάλιες» (9ος αι.) στήριξαν την ανάπτυξη μονοκρατορικών αξιώσεων.
Οι γρηγοριανές μεταρρυθμίσεις
Στα τέλη του 11ου αιώνα, ο Πάπας Γρηγόριος Ζ’ (Ιλδεβράνδος) διατύπωσε στο «Dictatus Papae» (1075) εικοσιεπτά αξιώσεις, μεταξύ των οποίων ότι ο Πάπας μπορεί να αποκαθαιρεί επισκόπους και αυτοκράτορες, ότι μόνο ο Πάπας συγκαλεί Οικουμενικές Συνόδους, και ότι «ποτέ Ρωμαίος Επίσκοπος δεν έσφαλε».
Η εκλογή του Πάπα
Η εκλογή του Πάπα ρυθμίζεται με την παπική βούλλα «In Nomine Domini» (1059) ως αποκλειστικό δικαίωμα του ιερού κολλεγίου των καρδιναλίων. Έτσι η εκλογή απομονώθηκε από την επιρροή του βυζαντινού αυτοκράτορα και των γερμανικών δυναστειών. Η σύγχρονη μορφή του «κονκλάβιου» καθιερώθηκε στη Β’ Σύνοδο του Λυών (1274).
Το αλάθητο (1870)
Στην Α’ Σύνοδο του Βατικανού (1870), διακηρύχθηκε επίσημα το παπικό αλάθητο: όταν ο Πάπας ομιλεί ex cathedra για ζητήματα πίστεως και ηθικής. Η Β’ Σύνοδος του Βατικανού (1962-1965) ενίσχυσε παράλληλα τη συλλογικότητα της επισκοπής, χωρίς να ανατρέψει το αλάθητο.
Το ορθόδοξο επιχείρημα παραμένει ότι μόνο η συνοδική Εκκλησία ως σώμα του Χριστού διαθέτει αλάθητο, όχι κανένας μεμονωμένος επίσκοπος.